어느 날, 일본 중부 지방에 있는 미사키 시에서 고등학교 남학생인 사카이 유지가 갑자기 모든 것이 멈춘 곳에 괴물들의 습격을 받는다.
그때 붉은 머리와 눈을 지닌 소녀가 나타나 단숨에 그 괴물들을 처리하는데, 그 소녀는 바로 홍세의 왕인 '천양(天壤)의 겁화(劫火)'의 플레임헤이즈로, 홍세의 무리를 쳐 없애는 '염발작안(炎髮灼眼)의 토벌자(討罰者)'이다.
그 염발작안의 토벌자는 사카이 유지에게 "너는 사람이 아니야.
" 하고 말하면서, 진짜 사카이 유지는 이미 괴물에게 잡아먹혀 사라졌고, 지금 있는 너는 홍세의 무리가 추격을 피하고 세계의 균열을 줄이기 위해서, 진짜를 본떠 만든 가짜인 토치라고 말했다.
그리고 얼마 없는 존재의 힘을 모두 쓰게 되면 바로 사라질거라고 덧붙여 말했다.
어떻게 지니게 됐는지는 모르지만, 사카지 유지는 미스테스로 몸속에 홍세의 무리가 만든 보기 드문 보구인 '영시미아(零詩迷兒)'가 있다.
이 영시미아는 시간에 간섭해 매일 쓴 존재의 힘을 0시마다 회복해주어서, 존재의 힘을 다 쓰지만 않으면 계속 살 수 있다.
나중에 사카이 유지는 염발작안의 토벌자가 지닌 검인 '니에토노노샤나'의 이름을 따서, 이름이 없는 그 토벌자에게 '샤나'라는 이름을 지어준다.
아라스톨(천양의 겁화)과 샤나는 홍세의 무리가 사카이 유지의 영시미아를 빼앗으려고 계속 다가갈 거라고 생각해, 사카이 유지의 주변을 계속 감시하기로 하고, 샤나는 사카이 유지와 같은 반 친구인 히라이 유카리로 위장한다.
이해관계가 복잡하게 얽힌 사카이 유지와 그의 친구들이, 자신의 믿음에 따라 미사키 시에서 일어나는 사건들을 해결해가는 이야기이다.